Metzners Werdegang in der unmittelbaren Nachkriegszeit ist relativ unübersichtlich und verwirrend. Im "Biographischen Handbuch zur Geschichte der deutschen Leichtathletik" von Klaus Amrhein heißt es: "Nach dem II. Weltkrieg Flucht und Versteck in Holstein". Metzner selbst notierte in seinem Lebenslauf vom 8. März 1953 der aus seinen Bewerbungsunterlagen für das Institut für Sportmedizin in Hamburg stammt: "Amerik. Gefangenschaft bis Jan. 46".

Von Januar 1946 bis August 1948 arbeitete Metzner dann ganz offensichtlich als Vertreter und Mitarbeiter verschiedener niedergelassener Ärzte, von August 1948 bis Dezember 1952 machte er eine Fachausbildung in Röntgenologie bei verschiedenen Röntgenfachärzten, im Diakonissenkrankenhaus Rotenburg bei Hamburg und im Allgemeinen Krankenhaus St. Georg in Hamburg selbst.

Am 7. März 1949 wurde er von der Spruchkammer Fritzlar-Homberg entnazifiziert, in die Gruppe der Mitläufer eingeordnet und zu einer Geldsühne von 50 DM verurteilt. In der Begründung wurde angeführt, dass er von 1937 bis 1945 Mitglied der NSDAP gewesen sei, aber kein Amt ausgeübt habe, dass er von 1939 bis 1945 Mitglied der Waffen-SS, dort zuletzt Stabsarzt, und von 1937 bis 1945 förderndes Mitglied der Allgemeinen SS war. Letzteres widerspricht den Quellen, die belegen, dass er am 1. September 1933 als reguläres Mitglied der SS beigetreten ist. Ganz offensichtlich gab er bei seiner Vernehmung als Rang in der Waffen-SS die unverfänglichere Bezeichnung "Stabsarzt" und nicht seinen eigentlichen Rang "SS-Hauptsturmführer" an.

Warum Metzner in Fritzlar entnazifiziert wurde, ist unklar. Möglicherweise arbeitete er zu diesem Zeitpunkt bei einem dortigen Röntgenfacharzt. Es ist aber nicht auszuschließen, dass er sich ganz gezielt in Fritzlar, das in der amerikanischen Besatzungszone lag, entnazifizieren ließ, da allgemein bekannt war, dass die Amerikaner nach Ausbruch des Kalten Krieges die Entnazifizierung mehr als großzügig handhabten und nur noch als reine Formsache ansahen. Eine Postadresse besaß Metzner in Fritzlar, gemeldet war er dort nach Auskunft des Einwohnermeldeamtes allerdings nie.

Leider ist seine Entnazifizierungsakte nicht erhalten. Den Entnazifizierungsbescheid kennen wir nur, weil er ihn im September 1950 in Kopie an seinen Bruder Emil in Frankenthal schickte und ihn bat, beim Provinzialamt für politische Säuberung in Neustadt an der Weinstraße die Anerkennung des Bescheids für den Regierungsbezirk Pfalz zu beantragen.